专利申请除了一般流程，也会涉及一些特殊情况，如专利代理、分案申请、生物保藏等。
在中国没有经常居所或者营业所的外国人、外国企业或者外国其他组织，在中国申请专利和办理其他专利事务的，应当委托依法设立的专利代理机构办理。中国单位或者个人在国内申请专利和办理其他专利事务的，可以委托依法设立的专利代理机构办理。委托代理机构的，需要在请求书中专利代理机构一栏填写相关内容，并提交双方签订的专利代理委托书。
一件专利申请包括两项以上的发明，申请人可以主动提出或者根据审查员的审查意见提出分案申请。提交分案申请的，需要在请求书中填写原申请号（原申请已经为分案申请，需要再分案的，原申请号后写明所针对分案的申请号）、原申请日，提交原申请的申请文件副本（包括原申请中与本分案申请有关的其他文件副本）。申请人应当在专利申请结案之前主动提出分案申请，或者结案之后出具审查员发出的指明了单一性缺陷的审查意见通知书或者分案通知书的复印件。分案申请以原申请为基础，类别与原申请一致。
专利申请涉及生物材料样品的，需要在申请日以前或者最迟在申请日（优先权日），将涉及的生物材料样品提交到国家知识产权局认可的生物材料样品国际保藏单位保藏。申请人应在请求书和说明书中写明保藏该生物材料样品的单位名称、地址、保藏日期和编号、分类命名（注明拉丁文名称），并在申请日起4个月内提交保藏单位出具的保藏证明和存活证明。
依赖遗传资源完成的发明创造申请专利的，应当在请求书中遗传资源处标记，一并提交遗传资源来源披露登记表，写明该遗传资源的直接来源和原始来源，无法说明原始来源的，需陈述理由。
申请人自发明或者实用新型在外国第一次提出专利申请之日起12个月内，或者自外观设计在外国第一次提出专利申请之日起6个月内，又在中国就相同主题提出专利申请的，依照该外国同中国签订的协议或者共同参加的国际条约，或者依照相互承认优先权的原则，可以享有优先权。申请人要求优先权的，应当在请求书要求优先权声明中写明原受理机构名称、在先申请日、在先申请号，并在3个月内提交在先申请文件副本。
申请人要求不丧失新颖性宽限期的，应当在请求书不丧失新颖性宽限期声明中进行选择标记，并在申请日起2个月内提交证明材料。证明材料分别为：由展览会主办单位出具的证明材料，注明展览会展出日期、地点、展览会的名称以及该发明创造展出的日期、形式和内容，并加盖公章；由国务院有关主管部门或者组织会议的全国性学术团体出具的证明材料，注明会议召开的日期、地点、会议的名称以及该发明创造发表的日期、形式和内容，并加盖公章；由证明人签字或者盖章的证明材料，注明泄露日期、泄露方式、泄露的内容。
专利局受理的专利申请涉及国防利益需要保密的，应当及时移交国防专利局进行审查。专利局认为其受理的发明或者实用新型专利申请涉及国防利益以外的国家安全或者重大利益需要保密的，按照保密专利申请处理，并通知申请人。申请人希望自己的专利申请按保密专利申请进行审查的，需要在请求书保密请求一栏中标记，可以同时提供有关部门确定密级的材料。
同一申请人同日对同样的发明创造既申请实用新型专利又申请发明专利，需要分别在实用新型专利和发明专利请求书同日申请项中标记。
含有相似外观设计的外观设计专利申请，在外观设计请求书第二页相似设计项中标记，并写明项数；一件外观设计专利申请中的相似外观设计不得超过10项。含有成套产品的外观设计专利申请，在外观设计请求书第二页成套产品项中标记，并写明项数；成套产品中不应包含相似外观设计。
任何单位或者个人将在中国完成的发明或者实用新型向外国申请专利的，应当事先报经专利局进行保密审查。保密审查分为以下几种情况：
1.直接向外国申请专利或者向有关国外机构提交专利国际申请的，提交向外国申请专利保密审查请求书和技术方案说明书；
2.向专利局申请专利后拟向外国申请专利或者向有关国外机构提交专利国际申请的，应当在向外国申请专利或者向有关国外机构提交专利国际申请前，提交向外国申请专利保密审查请求书；
3. 向专利局提交专利国际申请的，视为同时提出了保密审查请求。
请求人未在请求日起4个月内收到向外国申请专利保密审查意见通知书的，可以就该技术方案向外国申请专利；已通知请求人暂缓向外国申请专利的，请求人未在请求日起6个月内收到向外国申请专利保密审查决定的，可以就该技术方案向外国申请专利；国际申请需要保密的，审查员自申请日起3个月内发出因国家安全原因不再传送登记本和检索本的通知书，通知申请人和国际局该申请将不再作为国际申请处理，终止国际阶段程序。
在专利申请过程中，申请人办理相关手续均应在一定的期限内，最迟在期限届满日当天完成。期限的第一日（起算日）不计算在期限内，期限的起算日加上法定或者指定的期限即为期限的届满日。当事人因正当理由不能在期限内完成某一行为，可以请求延长期限（仅限于指定期限，且无效宣告程序中的指定期限不得延长），在期限届满前提交延长期限请求书，缴纳延长期限请求费。
当事人因耽误期限而丧失权利之后请求恢复权利的，提交恢复权利请求书，说明理由，必要时出具证明文件，并办理权利丧失前应当办理的相应手续，缴纳恢复权利请求费。
权属纠纷的当事人请求中止的，提交中止程序请求书，附具证明文件即地方知识产权管理部门或者人民法院的写明专利申请号（或专利号）的有关受理文件正本或者副本；因人民法院要求协助执行财产保全措施需要中止的，提交人民法院对专利申请权（或专利权）进行财产保全的民事裁定书及协助执行通知书（写明专利申请号或者专利号、发明创造名称、申请人或者专利权人姓名或名称、财产保全期限等），同时提供人民法院的通信地址、邮政编码和收件人姓名。
有关人事的著录项目发生变化的，包括申请人或者专利权人事项、发明人姓名、联系人事项、专利代理事项、代表人等，当事人应当按照规定办理著录项目变更手续。提交著录项目变更申报书、相关证明文件，缴纳著录项目变更费。
专利权评价报告由专利权人或者利害关系人请求，提交专利权评价报告请求书，缴纳专利权评价报告请求费。对于申请日在2009年10月1日之前的实用新型专利，须出具实用新型专利检索报告；对于外观设计专利和申请日在2009年10月1日之后的实用新型专利，须出具专利权评价报告。
